Năm 2017, Molliqaj tham gia tranh cử trong cuộc tổng tuyển cử ở Kosovo trong vai trò là nghị sĩ của Phong trào Tự quyết (Levizja Vetëvendosje!) và giành được một ghế trong Hội đồng Lập pháp thứ Năm với tư cách là ứng cử viên được bầu chọn nhiều thứ sáu ở Kosovo. Ngay sau khi giành được ghế, ông bèn thay đổi đảng phái và vẫn tiếp tục sự nghiệp chính trị của mình ở PSD. Trong suốt nhiệm kỳ nghị sĩ, ông từng đề xuất hai nghị quyết giữa Cộng hòa Kosovo và Cộng hòa Albania: về việc loại bỏ các dịch vụ chuyển vùng và dỡ bỏ các trạm kiểm soát biên giới giữa hai nước. Cả hai nghị quyết đều được đa số trong quốc hội Cộng hòa Kosovo bỏ phiếu biểu quyết.[3]